1998年,馬扎里前往那不勒斯,担任雷佐·乌利维埃里的助理教练。2001年,他首次成为主教练,率领阿奇雷亚莱征战意大利足球丙二级联赛。2002年,他成为意大利足球丙一级联赛联赛皮斯托亚的主教练。2003年,他加盟意乙联赛球队利沃诺,并在2003/04赛季帮助球队升级。2004年,他转投意甲球队雷吉纳,帮助球队连续三个赛季保级成功,其中2006/07赛季是在球队被扣除11个联赛积分的情况下取得的。
桑普多利亚
2007年5月31日,桑普多利亚宣布马扎里成为球队的新任主教练。他的执教理念和能力得到球队核心安东尼奥·卡萨诺的称赞,在2007/08赛季率队获得第六名的好成绩,并得到欧盟杯的参赛资格。他还率队在2008/09赛季意大利杯半决赛两回合总比分3比1击败当时在意大利足坛一枝独秀的国际米兰进入决赛,但在决赛中点球决战不敌拉齐奥屈居亚军。赛季结束后,马扎里和桑普多利亚协商解除合同。
那不勒斯
2009年10月6日,马扎里接受那不勒斯的邀请,替代被解职的罗伯托·多纳多尼。马扎里在2009/10赛季率领球队获得联赛第六名,赛季结束后获得一份为期三年的新合同。2010/11赛季,乌拉圭前锋埃丁森·卡瓦尼的加盟增加球队的攻击力,那不勒斯更进一步,最终位列联赛第三名,获得2011/12赛季欧洲冠军联赛的参赛资格。2011/12赛季欧冠联赛中,那不勒斯在拥有拜仁慕尼黑和曼城的小组力压曼城出线。在十六强首回合又在主场3比1击败卫冕冠军切尔西,只是在第二回合客场加时赛1比4不敌对手被淘汰出局。在2012年意大利杯决赛,那不勒斯2比0击败尤文图斯夺得冠军。在联赛中,那不勒斯成为唯一一支能威胁到尤文图斯统治地位的球队,最终在2012/13赛季意甲联赛获得联赛亚军。
国际米兰
2013年5月24日,马扎里接替安德烈·斯特拉马乔尼,担任国际米兰的新任主教练。 2014年11月14日,国际米兰宣布解除马扎里主教练职务。
沃特福德
2016年5月21日,沃特福德宣布马扎里成为主教练。
2017年5月17日,马扎里将会带领沃特福德在英超煞科战后离开沃特福德。
都灵
北京时间2018年1月4日晚,都灵官推宣布,马扎里将成为球队新任主帅。根据此前媒体的报道,此次马扎里将和都灵签约至2020年。